飲用水中的污染物種類繁多，據不完全統計，在水體中檢測出的有機化合物就已達到2000余種。如何從繁雜眾多的污染物中篩選出需要納入標準并實施有效監管的污染物質成為了標準制定首先要考慮的問題，既要避免因遺漏給公眾帶來不可接受的健康風險，又要避免飲用水檢測指標納入失當增加不必要的監管成本。
飲用水標準正文指標的增加主要依從了以下4個原則
一是在人群健康效應或毒理學方面有充分研究成果或可對飲用水水質造成明顯影響；
二是在我國飲用水中存在,且濃度水平可能帶來健康風險或帶來嚴重的飲用水水質問題；
三是具有可行且可接受的水處理技術或源頭控制的辦法；
四是具有成熟的飲用水水質檢測方法。
飲用水檢測指標的刪除至少符合以下幾個條件之一
一是在我國飲用水近年的檢測/監測中未檢出或未超標；
二是已在我國禁用多年且檢測/監測中未超標；
三是具有可替代性的指標。
對于那些無法同時滿足新增原則，或者符合刪除原則，但對我國當前飲用水水質監測/檢測、管理和評價具有參考意義的指標,則納入附錄中。
飲用水標準為什么刪除了耐熱大腸菌群指標？
耐熱大腸菌群和大腸埃希氏菌均可作為水體是否受到糞便污染的指示菌，但大腸埃希氏菌比耐熱大腸菌群具有更強的指示性，其檢出的衛生學意義亦大于耐熱大腸菌群。2006年版《生活飲用水衛生標準》制定時，檢測機構大多不具備大腸埃希氏菌的檢測能力，因此采用了耐熱大腸菌群和大腸埃希氏菌兩項指標二選一的過渡方式。基于目前大腸埃希氏菌檢測能力已基本具備，飲用水衛生標準修訂刪除了耐熱大腸菌群。
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