糞大腸菌群來自人和其他溫血動物的腸道，通過糞便排出。大腸菌群在自然環境中的存活時間與病原菌最接近，且以大腸菌群在腸道中的數量最多。因此，糞大腸菌群含量能較好的反映水體中腸道致病菌的含量，作為指示菌符合對水質進行糞便污染檢測的要求。糞大腸菌群數的高低，表明了糞便污染的程度，也反映了對人體健康危害性的大小。目前，常見的飲用水糞大腸菌群的檢測方法主要有多管發酵法、濾膜法、酶底物法等。
1.多管發酵法
主要是通過污染水樣接種入根試管中進行恒溫培養，利用大腸菌群繁殖時使乳糖發酵，并能使乳糖蛋白胨培養液變黃，同時產生氣泡的特有現象，根據不同接種量的發酵管所表現陽性結果的數目，從MPN表中查的相應的MPN指數，計算每升水中糞大腸菌群的最近似值。
2.濾膜法
將水樣注入已滅菌的放有孔徑為0.45μm濾膜的濾器中，經過抽濾，將細菌截留在膜上，然后將濾膜貼于M-FC培養基上，經44.5℃溫度下進行培養，計數培養基上呈藍色或藍綠色的菌落，計算出每升水的糞大腸菌數。
3.酶底物法
將加入酶底物檢測試劑的100ml水樣注入51孔或97孔的定量測量盤中進行密封后培養，由于大腸菌群細菌能產生一種β-半乳糖苷酶分解PG使得培養液呈黃色，同時大腸埃希氏菌可以產生葡萄糖醛酸酶分解MUG，培養液將會在波長366nm紫外光下產生熒光反應。通過計算有黃色反應和熒光反應的孔穴數，可對照MPN表查出其代表的糞大腸菌群最可能數。
通過以上對比，多管發酵法和濾膜法這兩種方法檢測糞大腸菌群時間相對較長（48~72h），需確認試驗，試驗步驟較為繁瑣，干擾因素多，并且不適合大量樣品的分析，也不能對飲用水的衛生學狀況做出快速評價；而酶底物法檢測糞大腸菌群只需18~24h培養即可報告結果，操作簡便、結果可靠，無需確認試驗。
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